น้ำ เป็นหนึ่งในปัจจัยที่สำคัญที่สุดในการปลูกผักไฮโดรโปนิกส์ถือเป็นหัวใจหลักเลยก็ว่าได้ เพราะรากของพืชแช่อยู่ในน้ำและดูดกินธาตุอาหารโดยตรง ดังนั้นสำหรับใครที่ต้องการปลูกพืชในระบบไฮโดรนั้น ควรคำนึงถึงแหล่งที่มาของน้ำที่จะใช้ในระบบ

โดยส่วนใหญ่แล้วเราจะแนะนำให้ใช้น้ำประปาในการปลูกพืช เนื่องจากน้ำประปาถือว่ามีสิ่งเจือปนต่ำ หาใช้ง่าย และยังมีต้นทุนที่ไม่สูงนัก เนื่องจากการปลูกพืชด้วยระบบไฮโดรโปนิกส์ใช้น้ำน้อยกว่าการปลูกผักบนดินธรรมดาอยู่แล้ว แต่หากท่านไหนต้องการปลูกผักไฮโดรโดยใช้น้ำบาดาล น้ำจากน้ำตกหรือแหล่งน้ำธรรมชาติ หรือน้ำชลประทาน ควรเอาน้ำไปตรวจวัดค่าก่อนนำมาปลูกผัก ส่วนใหญ่น้ำพวกนี้จะมีสารเจือปนที่สูงมาก นอกจากนั้นคุณสมบัติน้ำยังไม่คงที่ อาจจะเปลี่ยนไปตามแหล่งที่น้ำนั้นไหลผ่าน แต่หากต้องการนำมาใช้จริงๆ แนะนำให้ลองวัดค่าec ในน้ำก่อน หากน้ำนั้นมีค่าec ไม่เกิน 0.3 mS/cm ก็ถือว่าน้ำนั้นมีสารอาหารน้อยมาก อาจไม่ต้องส่งน้ำไปวิเคราะห์ที่lab แต่หากค่า ec สูงกว่านั้น แนะนำให้ส่งตัวอย่างน้ำไปวิเคราะห์ที่ห้องlab

ส่วนสถานที่ที่รับวิเคราะห์น้ำนั้น มีที่กรมวิชาการเกษตร กลุ่มงานพัฒนาระบบตรวจสอบคุณภาพดินและน้ำ กลุ่มวิจัยเกษตรเคมี สำนักวิจัยพัฒนาปัจจัยการผลิตทางการเกษตร มหาลัยบางแห่ง โดยใช้เวลาประมาณ 1-3เดือนโดยประมาณ โดยเสียค่าใช้จ่ายหลักหมื่นโดยประมาณ ผลวิเคราะห์น้ำนั้นอาจโชว์ว่าน้ำเรามีแร่ธาตุอาหารบางชนิดอยู่แล้ว ดังนั้นสำหรับผู้ที่ผสมปุ๋ยใช้เองสามารถลดปริมาณการให้ธาตุอาหารบางชนิดที่มีอยู่ก็เป็นไปได้เหมือนกัน แต่อาจต้องอาศัยผู้ชำนาญการสักหน่อย

ส่วนน้ำฝนสามารถน้ำมาใช้ปลูกผักไฮโดรโปนิกส์ได้ โดยบางที่นิยมสร้างเป็นอ่างเป็นแทงค์หรือถังเก็บน้ำไว้ใช้ หรือถ้าขุดบ่อก็จะเอาพลาสติกมาปูรองไว้ เพื่อป้องกันน้ำปนเปื้อนนั่นเอง

ส่วนท่านไหนที่อยากจะใช้ระบบ Reverse osmosis ในการปลูกก็สามารถทำได้ แต่อาจจะต้องลองคำนวณต้นทุนระบบทั้งหมดให้ดีก่อนว่าคุ้มกับการลงทุนหรือไม่ เพราะระบบROมีราคาค่อนข้างแพง ส่วนใหญ่จะไม่แนะนำให้ใช้หรือใช้แค่กับฟาร์มขนาดใหญ่จริงๆเท่านั้นค่ะ