แน่นอนว่าการปลูกพืชเกษตรอินทรีย์ถือกันว่าเป็นธรรมชาติที่สุด จะใช้ปุ๋ยอินทรีย์ที่เป็นพืชหมักและมูลสัตว์เป็นหลัก ส่วนการปลูกพืชโดยไม่ใช้ดินโดยเฉพาะการปลูกด้วยระบบไฮโดรโปนิกส์จะใช้ปุ๋ยอนินทรีย์ที่เป็นเกลือแร่ที่ค่อนข้างบริสุทธิ์เป็นหลัก ซึ่งถ้ามองอย่างผิวเผินจะคิดว่าการปลูกพืชทั้งสองวิธีนี้มีความแตกต่างกัน มาก และอาจมองว่าระบบไฮโดรโปนิกส์ไม่เป็นการปลูกแบบธรรมชาติnbsp; แต่ถ้า มองให้ลึกซึ้งลงไปแล้วการปลูกทั้งสองวิธีเป็นการปลูกแบบธรรมชาติเหมือนกัน โดยเฉพาะเมื่อมองในแง่ของสรีรวิทยาพืชและปฏิกิริยาทางชีวเคมีที่ดำเนินในพืช แล้วจะหาความแตกต่างได้ยากมาก

เนื่องจากปุ๋ยอินทรีย์ทั้งหลายเริ่มแรกจะยังไม่สามารถใช้ประโยชน์ได้  เพราะ จะต้องถูกทำให้ย่อยสลายโดยจุลินทรีย์ในดินจนกลายเป็นสารอนินทรีย์ที่เป็น เกลือแร่แบบเดียวกันและแตกตัวเป็นไอออนแบบเดียวกัน โดยเฉพาะพืชที่ปลูกบนดินอาจมีขั้นตอนที่ดูดซับไอออนโดยอนุภาคของดิน แล้วก็ปล่อยไออนของธาตุอาหารให้รากพืชเหมือนกับสารละลายธาตุอาหารในการปลูก ด้วยระบบไฮโดรโปนิกส์ การแลกเปลี่ยนไอออนระหว่างรากพืชกับสารละลายเพื่อนำเอาไอออนของธาตุอาหารเข้า สู่พืชเกิดขึ้นเหมือนกัน เมื่อพิจารณาทางสรีรวิทยาแล้วเนื่องจากสารละลายธาตุอาหารเป็นสารละลายที่เรา เตรียมขึ้นจากปุ๋ยอนินทรีย์ที่ค่อนข้างบริสุทธิ์ที่มีส่วนประกอบที่ คล้ายคลึงในดิน(ชนิดที่อุดมสมบูรณ์) และเป็นไปตามความต้องการของพืชมากกว่าที่ได้จากดิน

รากขนอ่อนจะดูดธาตุอาหารและน้ำไม่ว่าจากดินหรือจากระบบไฮโดรโปนิกส์ ในลักษณะที่เหมือนกัน พืชจะคาร์บอนไดออกไซด์จากอากาศแล้วทำปฏิกิริยาทางชีวเคมีที่เรียกกันว่าเมตา บอลิซึม (Metabolism) อย่างเดียวกันเพื่อนำไปสร้างใบ ดอก ผลโดยมากกว่า 90 % ได้มาจากน้ำและคาร์บอนไดออกไซด์ ขณะที่ 2 – 3 % มาจากเกลือแร่ โดยพืชจะนำไปใช้ประโยชน์เหมือนกัน สรุปว่าการปลูกพืชไม่ใช้ดินเป็นการปลูกแบบเป็นธรรมชาติเหมือนกันกับการปลูก บนดิน แต่เป็นการปลูกที่ใช้เทคโนโลยีที่มีการจัดการที่ดีกว่า จึงทำให้เกิดศักยภาพในการผลิตที่ดีกว่า